Filmy oświatowe powstawały już w pierwszych powojennych latach 1945–1949, czyli zanim utworzono Wytwórnię Filmów Oświatowych (WFO). Od listopada 1945 roku działał Wydział Filmów Oświatowych Instytutu Filmowego w Łodzi przy ulicy Kilińskiego 210, którym kierował Seweryn Nowicki. Wydział miał bazy terenowe, np. w Krakowie, gdzie w 1946 roku powstała Wieliczka Jarosława Brzozowskiego (nagrodzona Grand Prix na Festiwalu Filmowym w Cannes) oraz w Żyrardowie, gdzie tworzyli specjalizujący się w filmie biologicznym Marta i Karol Marczakowie.

29 grudnia 1949 roku wydano zarządzenie o powołaniu WFO. W konsekwencji zlikwidowano Instytut Filmowy i zmieniono organizację produkcji filmowej. Od 1950 roku działalność WFO była ściśle związana z wydarzeniami politycznymi. W okresie stalinizmu filmy miały często charakter propagandowy, choć powstawały też neutralne ideologicznie filmy przyrodnicze, jak te tworzone przez Włodzimierza Puchalskiego np.: Kormorany (1950) czy Instynkt macierzyński ptaków (1954). Odwilż polityczna po 1956 roku zaowocowała jednymi z pierwszych eksperymentów z formą artystyczną filmów produkowanych w WFO. Były to m.in. Mrówcze szlaki (1956) Stanisława Kokesza oraz Narty, gips, Zakopane (1957) Edwarda Pałczyńskiego.

Powstające w latach 60. tytuły były nie tylko interesujące artystycznie, ale dotyczyły aktualnych tematów np.: nowych technologii (Komputery, reż. Krzysztof Zanussi), kosmonautyki (seria Janusza Stara) oraz procesów biologicznych, chemicznych i fizycznych niemożliwych do uchwycenia gołym okiem. Rejestrowano je za pomocą specjalnych technik zdjęciowych (Bolesław Bączyński, Józef Arkusz). Zmiany, jakie zaszły w polskiej kinematografii na fali Marca 1968 roku, wpłynęły na WFO. Wydarzenia marcowe pozbawiły pracy reżyserów, pracowników technicznych oraz redaktora naczelnego Wytwórni.

Sytuacja w WFO uspokoiła się w pierwszej połowie lat 70. wraz z powołaniem nowego redaktora naczelnego – Macieja Łukowskiego. Wprowadzona przez niego polityka „otwartych drzwi”, poskutkowała debiutami blisko 30 absolwentów Szkoły Filmowej w Łodzi. Młodzi twórcy otrzymali swobodę artystyczną podczas kręcenia filmów krótkometrażowych. Byli wśród nich m.in: Marek Koterski, Juliusz Machulski czy Henryk Dederko. Polityka debiutów była kontynuowana w okresie Solidarności (1980–1981), a także po zniesieniu stanu wojennego w 1983 roku, co zaowocowało filmami m.in. Jana Jakuba Kolskiego, Pawła Woldana czy Marii Zmarz-Koczanowicz.

WFO w czasach Polski Ludowej zrealizowała blisko 4500 filmów krótkich, w tym edukacyjnych, popularnonaukowych, dokumentalnych, aktorskich (głównie dla dzieci i młodzieży), przyrodniczych i reklamowych. Po 1990 roku Wytwórnia, podobnie jak inne polskie instytucje produkujące filmy, przeszła restrukturyzację. Zredukowano liczbę etatów i zmieniono nazwę na Wytwórnia Filmów Oświatowych i Programów Edukacyjnych (WFOiPE). W 2010 roku powrócono do dawnej nazwy, a WFO stało się Spółką Samorządu Województwa Łódzkiego. Od tego momentu Wytwórnia digitalizuje i rekonstruuje swoje zbiory filmowe oraz produkuje i koprodukuje nowe filmy.